Das Dorf Villnachern liegt in einer weiten, offenen Mulde zwischen der Aare und dem Südfuss des Bözbergs. Der Gemeindebann von 575 ha erstreckt sich von der Bahnlinie Brugg-Aarau bis zur Bözbergstrasse, davon sind 238 ha Wald. Das Dorfzentrum liegt auf 362 m über Meer.

Von der frühen und dauernden Besiedlung dieser Gegend zeugen Funde aus der jüngeren Steinzeit und Reste von römischen Bauten im „Muracher" sowie alemannische Gräber beim „Letzihübel". Bis zum Jahr 1141 gehörte der Hof „Filnacker" zur Benediktinerabtei St. Blasien im Schwarzwald und ging darauf in den Besitz der Habsburger über. Im habsburgischen Güterverzeichnis von 1306 erscheint der Name „Wilnach". Die Burg Villnachern (auch Lichtenau genannt) befand sich von der Mitte des 13. Jahrhunderts in den Händen der Herren von Ostrach, einem süddeutschen Dienstmannengeschlecht. Dieses starb um 1450 aus, und die Herrschaft über Villnachern wechselte oft. Die Burg wurde aufgegeben und schon 1491 als Ruine (Burgstall) bezeichnet. Im Jahre 1460 gewann Bern mit der Oberhoheit über die Herrschaft Schenkenberg auch diejenige über die Herrschaft Villnachern. Während der Berner Herrschaft unterstand das Gericht der Landvogtei Kasteln. Die Bevölkerung war vor allem in der Landwirtschaft tätig. Auch das Handwerk hatte einen guten Boden. So ist bekannt, dass Kalk und Gips gebrannt wurde. Auch Zimmerleute, Wagner und Schreiner fanden ihr Auskommen. Maurermeister Hans Ulrich Spillmann aus Villnachern erbaute 1770 - 1774 die grosse Ufermauer der St. Peterinsel im Bielersee.

Der Muschelkalkstein von Villnachern soll schon in vorrömischer Zeit ausgebeutet worden sein. Aus den Steinbrüchen Villnachern und Riniken mussten ab 1242 unter anderen der Zisterzienserabtei Kappel am Albis „vier wolgewachsen mülistein" jährlich als Zins geliefert werden. Im „Dachsenloch" wurden auch Steine für Fenster- und Türgewände gebrochen. Eine Eisenerzgrube war nur vorübergehend in Betrieb und eine im 18. Jahrhundert entdeckte warme Quelle ging wieder verloren.

Unter der Berner Herrschaft wurde der Weinbau am Südhang des Bözbergs gefördert. In der Blütezeit massen die Weinberge Villnachern 100 Jucharten und wurden auch von Bözbergern und Linnern bewirtschaftet. Heute noch zeugen die vielen Trockenmauern von der früher intensiven Nutzung der Steilhänge. In den achtziger Jahren des letzten Jahrhunderts führten Fehljahre und Rebkrankheiten zu Missernten und Hunger. In diese Zeit fallen auch der Bau der Bözbergbahn und die Industrialisierung von Brugg. Die damit verbundene Abwanderung der Arbeitskräfte in die Industrie und die Einfuhr von billigem Ausländerwein haben ebenfalls zum Untergang des alten Villnacherer Rebbaus beigetragen.

In den Jahren 1979 -1989 wurde eine Güterzusammenlegung durchgeführt. Neben der Arrondierung des Landwirtschaftslandes und des Waldes gelang es, grössere zusammenhängende Flächen für den Naturschutz (Trockenstandorte) und für einen neuen Rebbau zu sichern. Mit der parallel dazu verlaufenen und nun rechtskräftigen Nutzungsplanung Kulturland konnten die verschiedenen Nutzungen gesichert werden.

Elf initiative Winzer pflanzten in der „Sommerhalde" rund 5 ha Blauburgunder- und rund 2,8 ha Riesling x Silvaner- und rund 20 Aren Bacchus-Reben neu an. Es wird im Rebberg nach den neuesten Erkenntnissen möglichst naturnah gearbeitet. Der Boden bleibt grün, Spritzmittel und Dünger werden sowenig wie möglich eingesetzt. Dafür werden die natürlichen Begebenheiten ausgenützt und die vorhandenen Nützlinge gefördert. Dass sich erhaltenswerte Natur und Rebbau nebeneinander vertragen, beweisen die Orchideen und anderen seltenen Pflanzen am Südportal des Buechtunnels der SBB, mitten im Weinberg, und das Biotop mit verschiedenen Tümpeln und Weihern in der „Gehlimatt", am Fuss der Reben.

Bis heute ist Villnachern ein Dorf geblieben. Daran ändern die Mehrfamilienhäuser am Dorfrand und entlang des Dorfbach nichts. Um die alten Dorfteile mit den spätgotischen Bauten, die zum grössten Teil renoviert sind, wurden in den letzten Jahrzehnten vor allem Einfamilienhäuser erstellt. Das Dorf zählt heute nur noch 5 hauptamtlich geführte Landwirtschaftsbetriebe. Ihre Existenzgrundlage wurde mit der Arrondierung des Eigen- und Pachtlandes gesichert, dass kein weiterer Rückgang eintritt. Neben dem Kraftwerk Wildegg-Brugg der NOK beschäftigen verschiedene Kleingewerbebetriebe, hauptsächlich aus der Baubranche, etwa 50 Personen. Die übrige erwerbstätige Bevölkerung pendelt in den Raum Brugg-Baden, ins Birrfeld oder auch nach Zürich. Dass die Einwohner einen guten Zusammenhalt haben beweist die Existenz von rund 24 Dorfvereinen. Zur Zeit wohnen rund 1'650 Personen in Villnachern. Der Anteil der ausländischen Wohnbevölkerung beträgt rund 15 %.

Die Wasserversorgung wurde im Jahre 1908 erstellt. Vorher musste die Bevölkerung das Wasser aus privaten Sodbrunnen, später aus öffentlichen Brunnen, beziehen. Heute können in den Reservoiren „Chessler" und „Buech" total 1'300 m³ Wasser gespeichert werden. Quellwasser wird in der Nähe der Linner Linde gefasst und dem Reservoir „Buech" zugeleitet. Der Grösste Teil des Wassers wird im „Stieracher" dem Aare-Grundwasserstrom entnommen und ins Reservoir „Chessler" gepumpt. Die Wasserversorgung Villnachern liefert auch an den Weiler „Wallbach" (Gemeinde Schinznach) und die vereinigte Wasserversorgung (VWV Bözberg) der Bözberggemeinden (Bözberg und Mönthal) Trink- und Brauchwasser.